Entamoeba histolytica ist die invasive, d.h. pathogene Spezies der Amoeben. Sie verursacht die akute Amoeben-Dysenterie (-Ruhr). E. histolytica verursacht Ulzerationen und Nekrosen der Dickdarmschleimhaut. Ein Durchbruch in die Peritonealhöhle ist möglich. Abheilung der entzündlichen Läsionen evt. unter Narbenbildung, Strikturen oder tumorartigen Prozessen (Amöbom) der Darmwand. Die Entwicklung einer chronisch rezidivierenden Kolitis ist nicht selten. Hämatogene Aussaat, bevorzugt in die Leber, führt zur Bildung von Abszessen.

Eine morphologische Unterscheidung zwischen E. histolytica und der apathogenen Entamoeba dispar ist nicht möglich. Bei 90% der mikroskopischen Nachweise handelt es sich um die klinisch bedeutungslose E. dispar und nur 10% sind E. histolytica. Die PCR unterscheidet problemlos zwischen den beiden Spezies. Damit sind behandlungsbedürftige Infektionen abgrenzbar.

Für die PCR Analyse muss Nativstuhl verwendet werden, da SAF-Medium die DNA degradiert.